به گزارش پایگاه خبری تحلیلی خطوط به نقل از یورونیوز، آقای خان که پس از تبدیل پاکستان به اولین قدرت هسته‌ای جهان اسلام به قهرمان ملی بدل شده بود به دلیل وارد شدن اتهام قاچاق اسرار هسته‌ای به کشورهایی از جمله کره شمالی و ایران بدنام شد.
عمران خان، نخست وزیر پاکستان در واکنش به درگذشت آقای خان با انتشار پیامی توییتری ضمن ابراز تاسف از فقدان او، آقای خان را «نماد ملی» مردم پاکستان توصیف کرد و نوشت: «او به دلیل مشارکت مهم خود در تبدیل ما به یک کشور دارای سلاح هسته‌ای مورد علاقه ملت ما قرار گرفت. »
نخست وزیر پاکستان در پیام خود همچنین تصریح کرد که اقدام آقای خان موجب افزایش امنیت کشورش در مقابل همسایه‌ای مهاجم که توان هسته‌ای بیشتری نسبت به پاکستان دارد، شد. او اعلام کرد که پیکر آقای خان مطابق خواستش در مسجد فیصل به خاک سپرده خواهد شد.
عبدالقدیر خان در راه اندازی اولین کارخانه غنی‌سازی اورانیوم پاکستان در منطقه کاهوتا واقع در نزدیکی اسلام آباد نقش بسزایی داشت. پاکستان با مدیریت او در سال ۱۹۹۸ نخستین آزمایش هسته‌ای خود را انجام داد و کمی پس از انجام آزمایش‌های مشابه از سوی هند، آقای خان موفق شد نام پاکستان را به عنوان هفتمین قدرت هسته‌ای جهان ثبت کند.
اما او در سال ۲۰۰۴ به دلیل قاچاق غیرقانونی اسرار فناوری هسته‌ای به ایران، لیبی و کره شمالی دستگیر شد. افشاگری‌هایی مبنی بر تلاش او برای فروش اسرار هسته‌ای پاکستان به سایر کشورها، جامعه پاکستان را شوکه کرد.
آقای خان سپس در یک نطق تلویزیونی از مردم پاکستان عذرخواهی کرد.
پرویز مشرف، رییس جمهور وقت پاکستان، آقای خان مورد عفو قرار داد ولی او همچنان تا سال ۲۰۰۹ در حصر خانگی قرار داشت.